referenceFiles/ ├── Alpaca │   └── vicPac1 │   └── Sequence │   ├── est.fa │   ├── IlluminaBowtieIndex │   │   ├── est.fa.1.ebwt │   │   ├── est.fa.2.ebwt │   │   ├── est.fa.3.ebwt │   │   ├── est.fa.4.ebwt │   │   ├── est.fa.rev.1.ebwt │   │   └── est.fa.rev.2.ebwt │   ├── IlluminaBWAIndex │   │   ├── est.fa.amb │   │   ├── est.fa.ann │   │   ├── est.fa.bwt │   │   ├── est.fa.pac │   │   └── est.fa.sa │   └── WholeGenomeFasta │   └── est.fa.fai ├── Arabidopsis_thaliana │   └── NCBI │   └── TAIR10 │   ├── Annotation │   │   ├── Archives │   │   │   ├── archive-2012-03-08-17-03-45 │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   ├── seq_gene.group_label.txt │   │   │   │   │   └── seq_gene.md.gz │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   └── Variation │   │   │   ├── archive-2013-03-06-09-50-01 │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   ├── seq_gene.group_label.txt │   │   │   │   │   └── seq_gene.md.gz │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   └── Variation │   │   │   ├── archive-2014-05-23-16-02-13 │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   ├── seq_gene.group_label.txt │   │   │   │   │   └── seq_gene.md.gz │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   └── SmallRNA │   │   │   │   ├── hairpin.fa │   │   │   │   └── mature.fa │   │   │   └── archive-current -> archive-2014-05-23-16-02-13 │   │   ├── Genes -> Archives/archive-current/Genes │   │   ├── README.txt -> 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└── chrYHet.fa.vld │   └── WholeGenomeFasta │   ├── genome.dict │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.amb │   ├── genome.fa.ann │   ├── genome.fa.bwt │   ├── genome.fa.fai │   ├── genome.fa.pac │   └── genome.fa.sa ├── Gallus_gallus │   └── UCSC │   ├── galGal3 │   │   ├── Annotation │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   ├── archive-2010-09-27-16-52-24 │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   ├── DATE.txt │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   ├── refMrna.fa │   │   │   │   │   ├── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   ├── splice_sites_34 │   │   │   │   │   │   ├── exon_coords.txt │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.2bpb │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.idx │   │   │   │   │   │   └── splice_sites-34.fa.vld │   │   │   │   │   └── splice_sites_49 │   │   │   │   │   ├── 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│   │   │   ├── polyC.fa.2bpb │   │   │   └── polyC.fa.vld │   │   ├── Bowtie2Index │   │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   │   ├── BowtieIndex │   │   │   ├── genome.1.ebwt │   │   │   ├── genome.2.ebwt │   │   │   ├── genome.3.ebwt │   │   │   ├── genome.4.ebwt │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.rev.1.ebwt │   │   │   └── genome.rev.2.ebwt │   │   ├── BWAIndex │   │   │   ├── genome.fa -> version0.6.0/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.amb -> version0.6.0/genome.fa.amb │   │   │   ├── genome.fa.ann -> version0.6.0/genome.fa.ann │   │   │   ├── genome.fa.bwt -> version0.6.0/genome.fa.bwt │   │   │   ├── genome.fa.pac -> version0.6.0/genome.fa.pac │   │   │   ├── genome.fa.sa -> version0.6.0/genome.fa.sa │   │   │   ├── version0.5.x │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   │   ├── genome.fa.rbwt │   │   │   │   ├── genome.fa.rpac │   │   │   │   ├── genome.fa.rsa │   │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   │   └── version0.6.0 │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   ├── Chromosomes │   │   │   ├── chr10.fa │   │   │   ├── chr11.fa │   │   │   ├── chr12.fa │   │   │   ├── chr13.fa │   │   │   ├── chr14.fa │   │   │   ├── chr15.fa │   │   │   ├── chr16.fa │   │   │   ├── chr17.fa │   │   │   ├── chr18.fa │   │   │   ├── chr19.fa │   │   │   ├── chr1.fa │   │   │   ├── chr20.fa │   │   │   ├── chr21.fa │   │   │   ├── chr22.fa │   │   │   ├── chr23.fa │   │   │   ├── chr24.fa │   │   │   ├── chr25.fa │   │   │   ├── chr26.fa │   │   │   ├── chr27.fa │   │   │   ├── chr28.fa │   │   │   ├── chr2.fa │   │   │   ├── chr32.fa │   │   │   ├── chr3.fa │   │   │   ├── chr4.fa │   │   │   ├── chr5.fa │   │   │   ├── chr6.fa │   │   │   ├── chr7.fa │   │   │   ├── chr8.fa │   │   │   ├── chr9.fa │   │   │   ├── chrM.fa │   │   │   ├── chrW.fa │   │   │   └── chrZ.fa │   │   ├── Squashed-Gallus_gallus-UCSC-galGal3 │   │   │   ├── chr10.fa -> ../Chromosomes/chr10.fa │   │   │   ├── chr10.fa.2bpb │   │   │   ├── chr10.fa.vld │   │   │   ├── chr11.fa -> ../Chromosomes/chr11.fa │   │   │   ├── chr11.fa.2bpb │   │   │   ├── chr11.fa.vld │   │   │   ├── chr12.fa -> ../Chromosomes/chr12.fa │   │   │   ├── chr12.fa.2bpb │   │   │   ├── chr12.fa.vld │   │   │   ├── chr13.fa -> ../Chromosomes/chr13.fa │   │   │   ├── chr13.fa.2bpb │   │   │   ├── chr13.fa.vld │   │   │   ├── chr14.fa -> ../Chromosomes/chr14.fa │   │   │   ├── chr14.fa.2bpb │   │   │   ├── chr14.fa.vld │   │   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├── chr23.fa -> ../Chromosomes/chr23.fa │   │   │   ├── chr23.fa.2bpb │   │   │   ├── chr23.fa.vld │   │   │   ├── chr24.fa -> ../Chromosomes/chr24.fa │   │   │   ├── chr24.fa.2bpb │   │   │   ├── chr24.fa.vld │   │   │   ├── chr25.fa -> ../Chromosomes/chr25.fa │   │   │   ├── chr25.fa.2bpb │   │   │   ├── chr25.fa.vld │   │   │   ├── chr26.fa -> ../Chromosomes/chr26.fa │   │   │   ├── chr26.fa.2bpb │   │   │   ├── chr26.fa.vld │   │   │   ├── chr27.fa -> ../Chromosomes/chr27.fa │   │   │   ├── chr27.fa.2bpb │   │   │   ├── chr27.fa.vld │   │   │   ├── chr28.fa -> ../Chromosomes/chr28.fa │   │   │   ├── chr28.fa.2bpb │   │   │   ├── chr28.fa.vld │   │   │   ├── chr2.fa -> ../Chromosomes/chr2.fa │   │   │   ├── chr2.fa.2bpb │   │   │   ├── chr2.fa.vld │   │   │   ├── chr32.fa -> ../Chromosomes/chr32.fa │   │   │   ├── chr32.fa.2bpb │   │   │   ├── chr32.fa.vld │   │   │   ├── chr3.fa -> ../Chromosomes/chr3.fa │   │   │   ├── chr3.fa.2bpb │   │   │   ├── chr3.fa.vld │   │   │   ├── 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│   │   ├── genome.fa │   │   ├── genome.fa.dict -> /group/referenceFiles/Gallus_gallus/UCSC/galGal3/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.dict │   │   └── genome.fa.fai │   └── galGal4 │   ├── est.fa.gz │   ├── est.fa.gz.md5 │   ├── galGal4.2bit │   ├── galGal4.fa.gz │   ├── galGal4.fa.masked.gz │   ├── galGal4.fa.out.gz │   ├── galGal4.trf.bed.gz │   ├── md5sum.txt │   ├── mrna.fa.gz │   ├── mrna.fa.gz.md5 │   ├── README.txt │   ├── refMrna.fa.gz │   ├── refMrna.fa.gz.md5 │   ├── upstream1000.fa.gz │   ├── upstream2000.fa.gz │   ├── upstream5000.fa.gz │   ├── xenoMrna.fa.gz │   ├── xenoMrna.fa.gz.md5 │   ├── xenoRefMrna.fa.gz │   └── xenoRefMrna.fa.gz.md5 ├── heliconius_melpomene │   └── ensemble │   └── Sequence │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.fa │   ├── IlluminaBowtie2Index │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.1.bt2 │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.2.bt2 │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.3.bt2 │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.4.bt2 │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.rev.1.bt2 │   │   └── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.rev.2.bt2 │   ├── IlluminaBowtieIndex │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.1.ebwt │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.2.ebwt │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.3.ebwt │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.4.ebwt │   │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.rev.1.ebwt │   │   └── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.rev.2.ebwt │   └── IlluminaBWAIndex │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.fa.amb │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.fa.ann │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.fa.bwt │   ├── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.fa.pac │   └── Heliconius_melpomene.Hmel1.16.dna.nonchromosomal.fa.sa ├── Homo_sapiens │   ├── annovar │   │   ├── annovar_downdb.log │   │   ├── hg18_avsift.txt │   │   ├── hg18_avsift.txt.idx │   │   ├── hg18_CEU.sites.2009_04.txt │   │   ├── hg18_CEU.sites.2009_04.txt.idx │   │   ├── hg18_CEU.sites.2010_07.txt │   │   ├── hg18_CEU.sites.2010_07.txt.idx │   │   ├── hg18_JPTCHB.sites.2009_04.txt │   │   ├── hg18_JPTCHB.sites.2009_04.txt.idx │   │   ├── hg18_JPTCHB.sites.2010_07.txt │   │   ├── hg18_JPTCHB.sites.2010_07.txt.idx │   │   ├── hg18_refGeneMrna.fa │   │   ├── hg18_refGene.txt │   │   ├── hg18_refLink.txt │   │   ├── hg18_YRI.sites.2009_04.txt │   │   ├── hg18_YRI.sites.2009_04.txt.idx │   │   ├── hg18_YRI.sites.2010_07.txt │   │   ├── hg18_YRI.sites.2010_07.txt.idx │   │   ├── hg19_ALL.sites.2010_11.txt │   │   ├── hg19_ALL.sites.2010_11.txt.idx │   │   ├── hg19_ALL.sites.2012_02.txt │   │   ├── hg19_ALL.sites.2012_02.txt.idx │   │   ├── hg19_avsift.txt │   │   ├── hg19_avsift.txt.idx │   │   ├── hg19_refGeneMrna.fa │   │   ├── hg19_refGene.txt │   │   ├── hg19_refLink.txt │   │   └── hg19_snp132.txt │   ├── CompleteGenomics │   │   └── build37.crr │   ├── Ensembl │   │   └── GRCh38.p2 │   │   ├── Annotation │   │   │   └── GENCODE │   │   │   └── v22 │   │   │   ├── fasta │   │   │   │   ├── gencode.v22.lncRNA_transcripts.fa │   │   │   │   ├── gencode.v22.pc_transcripts.fa │   │   │   │   ├── gencode.v22.pc_translations.fa │   │   │   │   └── GRCh38.p2.genome.fa -> ../../../../Sequence/WholeGenomeFasta/GRCh38.p2.genome.fa │   │   │   ├── gff3 │   │   │   │   ├── gencode.v22.2wayconspseudos.gff3 │   │   │   │   ├── gencode.v22.annotation.gff3 │   │   │   │   ├── gencode.v22.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gff3 │   │   │   │   ├── gencode.v22.long_noncoding_RNAs.gff3 │   │   │   │   ├── gencode.v22.polyAs.gff3 │   │   │   │   └── gencode.v22.tRNAs.gff3 │   │   │   ├── gtf │   │   │   │   ├── gencode.v22.2wayconspseudos.gtf │   │   │   │   ├── gencode.v22.annotation.gtf │   │   │   │   ├── gencode.v22.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf │   │   │   │   ├── gencode.v22.long_noncoding_RNAs.gtf │   │   │   │   ├── gencode.v22.polyAs.gtf │   │   │   │   └── gencode.v22.tRNAs.gtf │   │   │   ├── medatada │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.Annotation_remark │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.EntrezGene │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.Exon_supporting_feature │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.Gene_source │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.HGNC │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.PDB │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.PolyA_feature │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.Pubmed_id │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.RefSeq │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.Selenocysteine │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.SwissProt │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.Transcript_source │   │   │   │   ├── gencode.v22.metadata.Transcript_supporting_feature │   │   │   │   └── gencode.v22.metadata.TrEMBL │   │   │   └── README │   │   └── Sequence │   │   ├── IlluminaBowtie2Index │   │   │   └── v2.2.5 │   │   │   ├── bowtie2-build.log │   │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   │   ├── IlluminaBWAIndex │   │   │   └── v0.7.12 │   │   │   ├── bwa_index.log │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   ├── IlluminaNovoIndex │   │   │   └── v3.02.08 │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   │   ├── genome.fa.nix -> genome.nix │   │   │   ├── genome.nix │   │   │   └── novoindex.log │   │   ├── README │   │   └── WholeGenomeFasta │   │   ├── genome.dict │   │   ├── genome.fa -> GRCh38.p2.genome.fa │   │   ├── genome.fa.dict -> genome.dict │   │   ├── genome.fa.fai │   │   └── GRCh38.p2.genome.fa │   ├── iGenome │   │   └── 2014 │   │   ├── Homo_sapiens │   │   │   └── UCSC │   │   │   └── hg19 │   │   │   ├── Annotation │   │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   │   ├── archive-2010-09-27-22-25-17 │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   ├── DATE.txt │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── refMrna.fa │   │   │   │   │   │   ├── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites_34 │   │   │   │   │   │   │   ├── exon_coords.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.2bpb │   │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.idx │   │   │   │   │   │   │   └── splice_sites-34.fa.vld │   │   │   │   │   │   └── splice_sites_49 │   │   │   │   │   │   ├── exon_coords.txt │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa.2bpb │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa.idx │   │   │   │   │   │   └── splice_sites-49.fa.vld │   │   │   │   │   ├── archive-2011-01-27-18-25-49 │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── refMrna.fa │   │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   │   ├── hairpin.fa │   │   │   │   │   │   │   └── mature.fa │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   │   ├── snp130.txt │   │   │   │   │   │   ├── snp131.txt -> ../../archive-2011-08-30-21-45-18/Variation/snp131.txt │   │   │   │   │   │   └── snp132.txt -> ../../archive-2011-08-30-21-45-18/Variation/snp132.txt │   │   │   │   │   ├── archive-2011-08-30-21-45-18 │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   │   ├── snp131.txt -> ../../archive-2012-03-09-03-24-41/Variation/snp131.txt │   │   │   │   │   │   └── snp132.txt -> ../../archive-2012-03-09-03-24-41/Variation/snp132.txt │   │   │   │   │   ├── archive-2012-03-09-03-24-41 │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   │   ├── snp131.txt -> ../../archive-2013-03-06-11-23-03/Variation/snp131.txt │   │   │   │   │   │   ├── snp132.txt -> ../../archive-2013-03-06-11-23-03/Variation/snp132.txt │   │   │   │   │   │   └── snp135.txt -> ../../archive-2013-03-06-11-23-03/Variation/snp135.txt │   │   │   │   │   ├── archive-2013-03-06-11-23-03 │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   │   ├── snp131.txt │   │   │   │   │   │   ├── snp132.txt │   │   │   │   │   │   ├── snp135.txt │   │   │   │   │   │   ├── snp137.txt │   │   │   │   │   │   └── snp138.txt │   │   │   │   │   ├── archive-2014-06-02-13-47-56 │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   │   ├── hairpin.fa │   │   │   │   │   │   │   └── mature.fa │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   │   ├── snp137.txt │   │   │   │   │   │   └── snp138.txt │   │   │   │   │   └── archive-current -> archive-2014-06-02-13-47-56 │   │   │   │   ├── Genes -> Archives/archive-current/Genes │   │   │   │   ├── README.txt -> Archives/archive-current/README.txt │   │   │   │   ├── SmallRNA -> Archives/archive-current/SmallRNA │   │   │   │   └── Variation -> Archives/archive-current/Variation │   │   │   └── Sequence │   │   │   ├── AbundantSequences │   │   │   │   ├── adapter_contam1.fa │   │   │   │   ├── chrM.fa -> ../Chromosomes/chrM.fa │   │   │   │   ├── hum5SrDNA.fa │   │   │   │   ├── humRibosomal.fa │   │   │   │   ├── phix.fa │   │   │   │   ├── polyA.fa │   │   │   │   └── polyC.fa │   │   │   ├── BlastDB │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   ├── genome.fa.nhr │   │   │   │   ├── genome.fa.nin │   │   │   │   ├── genome.fa.nog │   │   │   │   ├── genome.fa.nsd │   │   │   │   ├── 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│   ├── genome.fa.sa -> version0.6.0/genome.fa.sa │   │   │   │   ├── version0.5.x │   │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   │   │   ├── genome.fa.rbwt │   │   │   │   │   ├── genome.fa.rpac │   │   │   │   │   ├── genome.fa.rsa │   │   │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   │   │   └── version0.6.0 │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   │   ├── Chromosomes │   │   │   │   ├── chr10.fa │   │   │   │   ├── chr11.fa │   │   │   │   ├── chr12.fa │   │   │   │   ├── chr13.fa │   │   │   │   ├── chr14.fa │   │   │   │   ├── chr15.fa │   │   │   │   ├── chr16.fa │   │   │   │   ├── chr17.fa │   │   │   │   ├── chr18.fa │   │   │   │   ├── chr19.fa │   │   │   │   ├── chr1.fa │   │   │   │   ├── chr20.fa │   │   │   │   ├── chr21.fa │   │   │   │   ├── chr22.fa │   │   │   │   ├── chr2.fa │   │   │   │   ├── chr3.fa │   │   │   │   ├── chr4.fa │   │   │   │   ├── chr5.fa │   │   │   │   ├── chr6.fa │   │   │   │   ├── chr7.fa │   │   │   │   ├── chr8.fa │   │   │   │   ├── chr9.fa │   │   │   │   ├── chrM.fa │   │   │   │   ├── chrX.fa │   │   │   │   └── chrY.fa │   │   │   └── WholeGenomeFasta │   │   │   ├── genome.dict │   │   │   ├── genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.fai │   │   │   └── GenomeSize.xml │   │   └── README.txt │   ├── NCBI │   │   ├── b37.cosmic │   │   │   └── v72 │   │   │   ├── CosmicCodingMuts.GRCh37-lite.reorder.vcf │   │   │   ├── CosmicCodingMuts.GRCh37-lite.reorder.vcf.idx │   │   │   ├── CosmicCodingMuts.vcf │   │   │   ├── CosmicCodingMuts.vcf.idx │   │   │   ├── CosmicCombined.GRCh37-lite.reorder.vcf │   │   │   ├── CosmicCombined.GRCh37-lite.reorder.vcf.idx │   │   │   ├── CosmicCombined.vcf │   │   │   ├── CosmicCombined.vcf.idx │   │   │   ├── CosmicNonCodingVariants.GRCh37-lite.reorder.vcf │   │   │   ├── CosmicNonCodingVariants.GRCh37-lite.reorder.vcf.idx │   │   │   ├── CosmicNonCodingVariants.vcf │   │   │   ├── CosmicNonCodingVariants.vcf.idx │   │   │   └── run_process_cosmic.sh │   │   ├── b37.GATKbundle │   │   │   └── v2.8 │   │   │   ├── 1000G_omni2.5.b37.vcf │   │   │   ├── 1000G_omni2.5.b37.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── 1000G_omni2.5.b37.vcf.idx │   │   │   ├── 1000G_omni2.5.b37.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── 1000G_phase1.indels.b37.vcf │   │   │   ├── 1000G_phase1.indels.b37.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── 1000G_phase1.indels.b37.vcf.idx │   │   │   ├── 1000G_phase1.indels.b37.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── 1000G_phase1.snps.high_confidence.b37.vcf │   │   │   ├── 1000G_phase1.snps.high_confidence.b37.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── 1000G_phase1.snps.high_confidence.b37.vcf.idx │   │   │   ├── 1000G_phase1.snps.high_confidence.b37.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── Broad.human.exome.b37.interval_list │   │   │   ├── Broad.human.exome.b37.interval_list.gz.md5 │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.bestPractices.b37.vcf │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.bestPractices.b37.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.bestPractices.b37.vcf.idx │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.bestPractices.b37.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.bam.bai │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.bam.bai.gz.md5 │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.vcf │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.vcf.idx │   │   │   ├── CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── dbsnp_138.b37.excluding_sites_after_129.vcf │   │   │   ├── dbsnp_138.b37.excluding_sites_after_129.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── dbsnp_138.b37.excluding_sites_after_129.vcf.idx │   │   │   ├── dbsnp_138.b37.excluding_sites_after_129.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── dbsnp_138.b37.vcf │   │   │   ├── dbsnp_138.b37.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── dbsnp_138.b37.vcf.idx │   │   │   ├── dbsnp_138.b37.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── hapmap_3.3.b37.vcf │   │   │   ├── hapmap_3.3.b37.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── hapmap_3.3.b37.vcf.idx │   │   │   ├── hapmap_3.3.b37.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── human_g1k_v37_decoy.dict │   │   │   ├── human_g1k_v37_decoy.dict.gz.md5 │   │   │   ├── human_g1k_v37_decoy.fasta │   │   │   ├── human_g1k_v37_decoy.fasta.fai │   │   │   ├── human_g1k_v37_decoy.fasta.fai.gz.md5 │   │   │   ├── human_g1k_v37_decoy.fasta.gz.md5 │   │   │   ├── human_g1k_v37.dict │   │   │   ├── human_g1k_v37.dict.gz.md5 │   │   │   ├── human_g1k_v37.fasta │   │   │   ├── human_g1k_v37.fasta.fai │   │   │   ├── human_g1k_v37.fasta.fai.gz.md5 │   │   │   ├── human_g1k_v37.fasta.gz.md5 │   │   │   ├── igv.log │   │   │   ├── Mills_and_1000G_gold_standard.indels.b37.vcf │   │   │   ├── Mills_and_1000G_gold_standard.indels.b37.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── Mills_and_1000G_gold_standard.indels.b37.vcf.idx │   │   │   ├── Mills_and_1000G_gold_standard.indels.b37.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.raw.subset.b37.sites.vcf │   │   │   ├── NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.raw.subset.b37.sites.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.raw.subset.b37.sites.vcf.idx │   │   │   ├── NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.raw.subset.b37.sites.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.raw.subset.b37.vcf │   │   │   ├── NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.raw.subset.b37.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.raw.subset.b37.vcf.idx │   │   │   ├── NA12878.HiSeq.WGS.bwa.cleaned.raw.subset.b37.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── NA12878.knowledgebase.snapshot.20131119.b37.vcf │   │   │   ├── NA12878.knowledgebase.snapshot.20131119.b37.vcf.gz.md5 │   │   │   ├── NA12878.knowledgebase.snapshot.20131119.b37.vcf.idx │   │   │   └── NA12878.knowledgebase.snapshot.20131119.b37.vcf.idx.gz.md5 │   │   ├── build37.1 │   │   │   ├── Annotation │   │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   │   ├── archive-2010-09-27-23-23-23 │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── DATE.txt │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── rna.fa │   │   │   │   │   │   ├── seq_gene.md │   │   │   │   │   │   ├── seq_gene.md.gz │   │   │   │   │   │   ├── seq_gene.NCBIoriginal.md.gz │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites_34 │   │   │   │   │   │   │   ├── exon_coords.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.2bpb │   │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.idx │   │   │   │   │   │   │   └── splice_sites-34.fa.vld │   │   │   │   │   │   └── splice_sites_49 │   │   │   │   │   │   ├── exon_coords.txt │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa.2bpb │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa.idx │   │   │   │   │   │   └── splice_sites-49.fa.vld │   │   │   │   │   ├── archive-2011-01-27-19-14-31 │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   └── rna.fa │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   ├── archive-2011-03-10-12-45-53 │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── rna.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── seq_gene.group_label.txt │   │   │   │   │   │   │   └── seq_gene.md.gz │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   │   ├── hairpin.fa │   │   │   │   │   │   │   └── mature.fa │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   ├── archive-2011-08-30-22-28-55 │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── seq_gene.group_label.txt │   │   │   │   │   │   │   └── seq_gene.md.gz │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   ├── archive-2012-03-09-04-42-08 │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.bed │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── rRNA.bed │   │   │   │   │   │   │   ├── rRNA.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── seq_gene.group_label.txt │   │   │   │   │   │   │   └── seq_gene.md.gz │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   └── archive-current -> archive-2012-03-09-04-42-08 │   │   │   │   ├── Genes -> Archives/archive-2012-03-09-04-42-08/Genes │   │   │   │   ├── README.txt -> Archives/archive-2012-03-09-04-42-08/README.txt │   │   │   │   ├── SmallRNA -> Archives/archive-2012-03-09-04-42-08/SmallRNA │   │   │   │   └── Variation -> Archives/archive-2012-03-09-04-42-08/Variation │   │   │   ├── GenomeStudio │   │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   │   ├── archive-2011-03-10-12-45-53 │   │   │   │   │   │   └── Homo_sapiens │   │   │   │   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../../../../../../Sequence/Chromosomes/6.fa │   │   │   │   │   │   ├── 7.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/7.fa │   │   │   │   │   │   ├── 8.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/8.fa │   │   │   │   │   │   ├── 9.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/9.fa │   │   │   │   │   │   ├── MT.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/MT.fa │   │   │   │   │   │   ├── X.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/X.fa │   │   │   │   │   │   └── Y.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/Y.fa │   │   │   │   │   ├── archive-2011-08-30-22-28-55 │   │   │   │   │   │   └── Homo_sapiens │   │   │   │   │   │   └── NCBI-build37.1 │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2011-08-30-22-28-55/Genes/ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2011-08-30-22-28-55/Genes/refGene.txt │   │   │   │   │   │   └── Sequence │   │   │   │   │   │   ├── 10.fa -> 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../../../../../../Sequence/Chromosomes/Y.fa │   │   │   │   │   ├── archive-2012-03-09-04-42-08 │   │   │   │   │   │   └── Homo_sapiens │   │   │   │   │   │   └── NCBI-build37.1 │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2012-03-09-04-42-08/Genes/ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2012-03-09-04-42-08/Genes/refGene.txt │   │   │   │   │   │   └── Sequence │   │   │   │   │   │   ├── 10.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/10.fa │   │   │   │   │   │   ├── 11.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/11.fa │   │   │   │   │   │   ├── 12.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/12.fa │   │   │   │   │   │   ├── 13.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/13.fa │   │   │   │   │   │   ├── 14.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/14.fa │   │   │   │   │   │   ├── 15.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/15.fa │   │   │   │   │   │   ├── 16.fa -> 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hum5SrDNA.fa.2bpb │   │   │   │   ├── hum5SrDNA.fa.vld │   │   │   │   ├── humRibosomal.fa │   │   │   │   ├── humRibosomal.fa.2bpb │   │   │   │   ├── humRibosomal.fa.vld │   │   │   │   ├── MT.fa -> ../Squashed-Homo_sapiens-NCBI-build37.1/MT.fa │   │   │   │   ├── MT.fa.2bpb -> ../Squashed-Homo_sapiens-NCBI-build37.1/MT.fa.2bpb │   │   │   │   ├── MT.fa.vld -> ../Squashed-Homo_sapiens-NCBI-build37.1/MT.fa.vld │   │   │   │   ├── phix.fa │   │   │   │   ├── phix.fa.2bpb │   │   │   │   ├── phix.fa.vld │   │   │   │   ├── polyA.fa │   │   │   │   ├── polyA.fa.2bpb │   │   │   │   ├── polyA.fa.vld │   │   │   │   ├── polyC.fa │   │   │   │   ├── polyC.fa.2bpb │   │   │   │   └── polyC.fa.vld │   │   │   ├── Chromosomes │   │   │   │   ├── 10.fa │   │   │   │   ├── 11.fa │   │   │   │   ├── 12.fa │   │   │   │   ├── 13.fa │   │   │   │   ├── 14.fa │   │   │   │   ├── 15.fa │   │   │   │   ├── 16.fa │   │   │   │   ├── 17.fa │   │   │   │   ├── 18.fa │   │   │   │   ├── 19.fa │   │   │   │   ├── 1.fa │   │   │   │   ├── 20.fa │   │   │   │   ├── 21.fa │   │   │   │   ├── 22.fa │   │   │   │   ├── 2.fa │   │   │   │   ├── 3.fa │   │   │   │   ├── 4.fa │   │   │   │   ├── 5.fa │   │   │   │   ├── 6.fa │   │   │   │   ├── 7.fa │   │   │   │   ├── 8.fa │   │   │   │   ├── 9.fa │   │   │   │   ├── MT.fa │   │   │   │   ├── X.fa │   │   │   │   └── Y.fa │   │   │   ├── IlluminaBowtie2Index │   │   │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   │   │   ├── IlluminaBowtieIndex │   │   │   │   ├── genome.1.ebwt │   │   │   │   ├── genome.2.ebwt │   │   │   │   ├── genome.3.ebwt │   │   │   │   ├── genome.4.ebwt │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   ├── genome.rev.1.ebwt │   │   │   │   └── genome.rev.2.ebwt │   │   │   ├── IlluminaBWAIndex │   │   │   │   ├── genome.fa -> version0.6.0/genome.fa │   │   │   │   ├── genome.fa.amb -> version0.6.0/genome.fa.amb │   │   │   │   ├── genome.fa.ann -> version0.6.0/genome.fa.ann │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt -> version0.6.0/genome.fa.bwt │   │   │   │   ├── genome.fa.pac -> version0.6.0/genome.fa.pac │   │   │   │   ├── genome.fa.sa -> version0.6.0/genome.fa.sa │   │   │   │   ├── version0.5.x │   │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   │   │   ├── genome.fa.rbwt │   │   │   │   │   ├── genome.fa.rpac │   │   │   │   │   ├── genome.fa.rsa │   │   │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   │   │   └── version0.6.0 │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt 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│   └── WholeGenomeFasta │   │   ├── GRCh37-lite.dict │   │   ├── GRCh37-lite.fa │   │   ├── GRCh37-lite.fa.dict -> GRCh37-lite.dict │   │   └── GRCh37-lite.fa.fai │   ├── plinkseq │   │   └── hg19 │   │   ├── locdb │   │   ├── refdb │   │   └── seqdb │   ├── STARgenome │   │   ├── GRCh37.p13_Gencode19_100bp │   │   │   ├── chrLength.txt │   │   │   ├── chrNameLength.txt │   │   │   ├── chrName.txt │   │   │   ├── chrStart.txt │   │   │   ├── exonGeTrInfo.tab │   │   │   ├── exonInfo.tab │   │   │   ├── gencode.v19.annotation.gtf │   │   │   ├── geneInfo.tab │   │   │   ├── Genome │   │   │   ├── genomeParameters.txt │   │   │   ├── GRCh37.p13.genome.dict │   │   │   ├── GRCh37.p13.genome.fa │   │   │   ├── GRCh37.p13.genome.fa.fai │   │   │   ├── Log.out │   │   │   ├── runGenomeGenerate.sh │   │   │   ├── SA │   │   │   ├── SAindex │   │   │   ├── sjdbInfo.txt │   │   │   ├── sjdbList.fromGTF.out.tab │   │   │   ├── sjdbList.out.tab │   │   │   └── transcriptInfo.tab │   │   ├── hg19_UCSC_100bp │   │   │   ├── chrLength.txt │   │   │   ├── chrNameLength.txt │   │   │   ├── chrName.txt │   │   │   ├── chrStart.txt │   │   │   ├── Genome │   │   │   ├── genomeParameters.txt │   │   │   ├── hg19-star-ref.o452168 │   │   │   ├── makeGenome.sh │   │   │   ├── SA │   │   │   ├── SAindex │   │   │   ├── sjdbInfo.txt │   │   │   └── sjdbList.out.tab │   │   └── hg19_UCSC_50bp │   │   ├── chrLength.txt │   │   ├── chrNameLength.txt │   │   ├── chrName.txt │   │   ├── chrStart.txt │   │   ├── exonGeTrInfo.tab │   │   ├── exonInfo.tab │   │   ├── geneInfo.tab │   │   ├── Genome │   │   ├── genomeParameters.txt │   │   ├── Log.out │   │   ├── makeGenome.log │   │   ├── makeGenome.sh │   │   ├── run_genome_generate.logs │   │   ├── SA │   │   ├── SAindex │   │   ├── sjdbInfo.txt │   │   ├── sjdbList.fromGTF.out.tab │   │   ├── sjdbList.out.tab │   │   └── transcriptInfo.tab │   └── UCSC │   ├── hg18 │   │   ├── Annotation │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   ├── archive-2010-09-27-22-44-56 │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   ├── DATE.txt │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   ├── refMrna.fa │   │   │   │   │   ├── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   ├── splice_sites_34 │   │   │   │   │   │   ├── exon_coords.txt │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.2bpb │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.idx │   │   │   │   │   │   └── splice_sites-34.fa.vld │   │   │   │   │   └── splice_sites_49 │   │   │   │   │   ├── exon_coords.txt │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa.2bpb │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa.idx │   │   │   │   │   └── splice_sites-49.fa.vld │   │   │   │   ├── archive-2011-01-27-18-35-37 │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── refMrna.fa │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   ├── hairpin.fa │   │   │   │   │   │   └── mature.fa │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   ├── archive-2011-08-30-21-53-59 │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   ├── snp128.txt │   │   │   │   │   ├── snp129.txt │   │   │   │   │   └── snp130.txt │   │   │   │   ├── archive-2012-03-09-03-36-12 │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   ├── hg18.exons.refGene.bed │   │   │   │   │   │   ├── hg18.refGene.bed │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   ├── dbsnp_135.hg18.vcf │   │   │   │   │   ├── snp128.txt │   │   │   │   │   ├── snp128.vcf │   │   │   │   │   ├── snp129.txt │   │   │   │   │   ├── snp129.vcf │   │   │   │   │   ├── snp130.txt │   │   │   │   │   └── snp130.vcf │   │   │   │   └── archive-current -> archive-2012-03-09-03-36-12 │   │   │   ├── Genes -> Archives/archive-2012-03-09-03-36-12/Genes │   │   │   ├── README.txt -> Archives/archive-2012-03-09-03-36-12/README.txt │   │   │   ├── SmallRNA -> Archives/archive-2012-03-09-03-36-12/SmallRNA │   │   │   └── Variation -> Archives/archive-2012-03-09-03-36-12/Variation │   │   ├── GenomeStudio │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   ├── archive-2010-09-27-22-44-56 │   │   │   │   │   └── Homo_sapiens │   │   │   │   │   └── UCSC-hg18 │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt -> 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../../../../../Annotation/Archives/archive-2010-09-27-22-44-56/refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   └── Sequence │   │   │   │   │   ├── chr10.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr10.fa │   │   │   │   │   ├── chr11.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr11.fa │   │   │   │   │   ├── chr12.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr12.fa │   │   │   │   │   ├── chr13.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr13.fa │   │   │   │   │   ├── chr14.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr14.fa │   │   │   │   │   ├── chr15.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr15.fa │   │   │   │   │   ├── chr16.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr16.fa │   │   │   │   │   ├── chr17.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr17.fa │   │   │   │   │   ├── chr18.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr18.fa │   │   │   │   │   ├── chr19.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr19.fa │   │   │   │   │   ├── chr1.fa -> 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../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr17.fa │   │   │   │   │   ├── chr18.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr18.fa │   │   │   │   │   ├── chr19.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr19.fa │   │   │   │   │   ├── chr1.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr1.fa │   │   │   │   │   ├── chr20.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr20.fa │   │   │   │   │   ├── chr21.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr21.fa │   │   │   │   │   ├── chr22.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr22.fa │   │   │   │   │   ├── chr2.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr2.fa │   │   │   │   │   ├── chr3.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr3.fa │   │   │   │   │   ├── chr4.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr4.fa │   │   │   │   │   ├── chr5.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr5.fa │   │   │   │   │   ├── chr6.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr6.fa │   │   │   │   │   ├── chr7.fa -> 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├── genome.fa.amb │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   │   ├── genome.fa.rbwt │   │   │   │   ├── genome.fa.rpac │   │   │   │   ├── genome.fa.rsa │   │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   │   └── version0.6.0 │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   ├── IlluminaSOAP2Index │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.index.amb │   │   │   ├── genome.fa.index.ann │   │   │   ├── genome.fa.index.bwt │   │   │   ├── genome.fa.index.fmv │   │   │   ├── genome.fa.index.lkt │   │   │   ├── genome.fa.index.pac │   │   │   ├── genome.fa.index.rev.bwt │   │   │   ├── genome.fa.index.rev.fmv │   │   │   ├── genome.fa.index.rev.lkt │   │   │   ├── genome.fa.index.rev.pac │   │   │   └── job.sh │   │   ├── 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├── DATE.txt │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   ├── refMrna.fa │   │   │   │   │   ├── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   ├── splice_sites_34 │   │   │   │   │   │   ├── exon_coords.txt │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.2bpb │   │   │   │   │   │   ├── splice_sites-34.fa.idx │   │   │   │   │   │   └── splice_sites-34.fa.vld │   │   │   │   │   └── splice_sites_49 │   │   │   │   │   ├── exon_coords.txt │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa.2bpb │   │   │   │   │   ├── splice_sites-49.fa.idx │   │   │   │   │   └── splice_sites-49.fa.vld │   │   │   │   ├── archive-2011-01-27-18-25-49 │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── refMrna.fa │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   ├── hairpin.fa │   │   │   │   │   │   └── mature.fa │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   ├── snp131.txt │   │   │   │   │   └── snp132.txt │   │   │   │   ├── archive-2011-08-30-21-45-18 │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   └── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   ├── snp131.txt -> ../../archive-2012-03-09-03-24-41/Variation/snp131.txt │   │   │   │   │   └── snp132.txt -> ../../archive-2012-03-09-03-24-41/Variation/snp132.txt │   │   │   │   ├── archive-2012-03-09-03-24-41 │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   ├── ChromSize.txt │   │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt │   │   │   │   │   │   ├── genes.bed │   │   │   │   │   │   ├── genes.bed12 │   │   │   │   │   │   ├── genes.bedops_sorted.bed │   │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   │   ├── hg19.exons.refGene.bed │   │   │   │   │   │   ├── hg19.exons.refGene.srt.bed │   │   │   │   │   │   ├── hg19.refGene.bed │   │   │   │   │   │   ├── hg19.rmsk.bed │   │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   │   ├── LOG │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt │   │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   │   ├── refGene.fa │   │   │   │   │   │   ├── refGene.fa.gz │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   │   ├── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   │   ├── rna.fa │   │   │   │   │   │   ├── rRNA.bed │   │   │   │   │   │   ├── rRNA.bed.locations.txt │   │   │   │   │   │   ├── rRNA.fa │   │   │   │   │   │   ├── rRNA_tRNA_chrM.gtf │   │   │   │   │   │   ├── rRNA_tRNA.gtf │   │   │   │   │   │   ├── rRNA_tRNA.intervals │   │   │   │   │   │   ├── run_bedtools_getFasta.sh │   │   │   │   │   │   ├── tmp │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.list │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.srt.list │   │   │   │   │   │   │   ├── genes.srt.unique.list │   │   │   │   │   │   │   ├── 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│   │   │   │   │   │   ├── snoRNA-miRNA.fa.gz │   │   │   │   │   │   ├── tRNA.fa │   │   │   │   │   │   └── tRNA.fa.gz │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   ├── snp131.txt │   │   │   │   │   ├── snp131.vcf │   │   │   │   │   ├── snp132.txt │   │   │   │   │   ├── snp132.vcf │   │   │   │   │   ├── snp135.txt │   │   │   │   │   ├── snp135.vcf │   │   │   │   │   ├── snp137.txt │   │   │   │   │   ├── snp137.wheader.txt │   │   │   │   │   └── tmp.txt │   │   │   │   └── archive-current -> archive-2012-03-09-03-24-41 │   │   │   ├── blacklist.bed -> /group/referenceFiles/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/wgEncodeDacMapabilityConsensusExcludable.bed │   │   │   ├── Genes -> Archives/archive-2012-03-09-03-24-41/Genes │   │   │   ├── Mappability │   │   │   │   ├── getMapbltyRegions.sh │   │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign100mer.bigWig │   │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign100mer.eq1.bed │   │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign100mer.lt1.bed │   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Archives/archive-2012-03-09-03-24-41/Variation │   │   │   └── wgEncodeDacMapabilityConsensusExcludable.bed │   │   ├── cosmic │   │   │   ├── b37_cosmic_v54_120711.numericChr.vcf │   │   │   ├── b37_cosmic_v54_120711.vcf │   │   │   └── b37_cosmic_v54_120711.vcf.idx │   │   ├── GenomeStudio │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   ├── archive-2010-09-27-22-25-17 │   │   │   │   │   └── Homo_sapiens │   │   │   │   │   └── UCSC-hg19 │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2010-09-27-22-25-17/ChromInfo.txt │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2010-09-27-22-25-17/cytoBand.txt │   │   │   │   │   ├── DATE.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2010-09-27-22-25-17/DATE.txt │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2010-09-27-22-25-17/kgXref.txt │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt -> 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archive-2011-08-30-21-45-18 │   │   │   │   │   └── Homo_sapiens │   │   │   │   │   └── UCSC-hg19 │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2011-08-30-21-45-18/Genes/ChromInfo.txt │   │   │   │   │   ├── cytoBand.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2011-08-30-21-45-18/Genes/cytoBand.txt │   │   │   │   │   ├── kgXref.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2011-08-30-21-45-18/Genes/kgXref.txt │   │   │   │   │   ├── knownGene.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2011-08-30-21-45-18/Genes/knownGene.txt │   │   │   │   │   ├── knownToRefSeq.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2011-08-30-21-45-18/Genes/knownToRefSeq.txt │   │   │   │   │   ├── refGene.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2011-08-30-21-45-18/Genes/refGene.txt │   │   │   │   │   ├── refSeqSummary.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2011-08-30-21-45-18/Genes/refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   └── 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│   │   ├── refSeqSummary.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2012-03-09-03-24-41/Genes/refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   └── Sequence │   │   │   │   │   ├── chr10.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr10.fa │   │   │   │   │   ├── chr11.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr11.fa │   │   │   │   │   ├── chr12.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr12.fa │   │   │   │   │   ├── chr13.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr13.fa │   │   │   │   │   ├── chr14.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr14.fa │   │   │   │   │   ├── chr15.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr15.fa │   │   │   │   │   ├── chr16.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr16.fa │   │   │   │   │   ├── chr17.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr17.fa │   │   │   │   │   ├── chr18.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr18.fa │   │   │   │   │   ├── chr19.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr19.fa │   │   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│   │   ├── NA12878.knowledgebase.snapshot.20131119.hg19.vcf.idx.gz.md5 │   │   │   ├── ucsc.hg19.1.bt2 -> ../../Sequence/IlluminaBowtie2Index/version2.2.3/genome.1.bt2 │   │   │   ├── ucsc.hg19.2bit │   │   │   ├── ucsc.hg19.2.bt2 -> ../../Sequence/IlluminaBowtie2Index/version2.2.3/genome.2.bt2 │   │   │   ├── ucsc.hg19.3.bt2 -> ../../Sequence/IlluminaBowtie2Index/version2.2.3/genome.3.bt2 │   │   │   ├── ucsc.hg19.4.bt2 -> ../../Sequence/IlluminaBowtie2Index/version2.2.3/genome.4.bt2 │   │   │   ├── ucsc.hg19.chrStripped.dict -> ucsc.hg19.chrStripped.fasta.dict │   │   │   ├── ucsc.hg19.chrStripped.fasta │   │   │   ├── ucsc.hg19.chrStripped.fasta.dict │   │   │   ├── ucsc.hg19.chrStripped.fasta.fai │   │   │   ├── ucsc.hg19.dict │   │   │   ├── ucsc.hg19.dict.gz.md5 │   │   │   ├── ucsc.hg19.fa -> ucsc.hg19.fasta │   │   │   ├── ucsc.hg19.fa.fai -> ucsc.hg19.fasta.fai │   │   │   ├── ucsc.hg19.fai -> ucsc.hg19.fasta.fai │   │   │   ├── ucsc.hg19.fasta │   │   │   ├── 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../../Sequence/IlluminaBowtie2Index/version2.2.3/genome.rev.1.bt2 │   │   │   └── ucsc.hg19.rev.2.bt2 -> ../../Sequence/IlluminaBowtie2Index/version2.2.3/genome.rev.2.bt2 │   │   ├── liftOver │   │   │   ├── hg19ToCanFam2.over.chain │   │   │   ├── hg19ToHg18.over.chain │   │   │   ├── hg19ToMm10.over.chain │   │   │   └── hg19ToMm9.over.chain │   │   └── Sequence │   │   ├── 2bit │   │   │   └── hg19.2bit │   │   ├── AbundantSequences │   │   │   ├── adapter_contam1.fa │   │   │   ├── adapter_contam1.fa.2bpb │   │   │   ├── adapter_contam1.fa.vld │   │   │   ├── chrM.fa │   │   │   ├── chrM.fa.2bpb │   │   │   ├── chrM.fa.vld │   │   │   ├── hum5SrDNA.fa │   │   │   ├── hum5SrDNA.fa.2bpb │   │   │   ├── hum5SrDNA.fa.vld │   │   │   ├── humRibosomal.fa │   │   │   ├── humRibosomal.fa.2bpb │   │   │   ├── humRibosomal.fa.vld │   │   │   ├── phix.fa │   │   │   ├── phix.fa.2bpb │   │   │   ├── phix.fa.vld │   │   │   ├── polyA.fa │   │   │   ├── polyA.fa.2bpb │   │   │   ├── polyA.fa.vld │   │   │   ├── polyC.fa │   │   │   ├── polyC.fa.2bpb │   │   │   └── polyC.fa.vld │   │   ├── Assembly │   │   │   ├── hg19.gap.bed.gz │   │   │   ├── hg19.gap.merged.bed │   │   │   ├── hg19.sequenced.merged.bed │   │   │   ├── README │   │   │   ├── ucsc.hg19.dict -> ../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.dict │   │   │   └── ucsc.hg19.dict.bed │   │   ├── Chromosomes │   │   │   ├── chr10.fa │   │   │   ├── chr11.fa │   │   │   ├── chr12.fa │   │   │   ├── chr13.fa │   │   │   ├── chr14.fa │   │   │   ├── chr15.fa │   │   │   ├── chr16.fa │   │   │   ├── chr17.fa │   │   │   ├── chr18.fa │   │   │   ├── chr19.fa │   │   │   ├── chr1.fa │   │   │   ├── chr20.fa │   │   │   ├── chr21.fa │   │   │   ├── chr22.fa │   │   │   ├── chr2.fa │   │   │   ├── chr3.fa │   │   │   ├── chr4.fa │   │   │   ├── chr5.fa │   │   │   ├── chr6.fa │   │   │   ├── chr7.fa │   │   │   ├── chr8.fa │   │   │   ├── chr9.fa │   │   │   ├── chrM.fa │   │   │   ├── chrX.fa │   │   │   ├── chrY.fa │   │   │   ├── hg19.chrom.sizes │   │   │   ├── hg19.genome.bed │   │   │   └── human_chrList.txt │   │   ├── IlluminaBowtie2Index │   │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   │   ├── genome.rev.2.bt2 │   │   │   └── version2.2.3 │   │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   │   ├── genome.fa -> ../../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.fasta │   │   │   ├── genome.fa.dict -> ../../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.dict │   │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.fasta.fai │   │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   │   ├── genome.rev.2.bt2 │   │   │   ├── run_bt2index.log │   │   │   ├── run_bt2index.sh │   │   │   ├── run_bt2index.sh.e251621 │   │   │   └── run_bt2index.sh.o251621 │   │   ├── IlluminaBowtieIndex │   │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   │   ├── genome.1.ebwt │   │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   │   ├── genome.2.ebwt │   │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   │   ├── genome.3.ebwt │   │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   │   ├── genome.4.ebwt │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   │   ├── genome.rev.1.ebwt │   │   │   ├── genome.rev.2.bt2 │   │   │   └── genome.rev.2.ebwt │   │   ├── IlluminaBWAIndex │   │   │   ├── genome.fa -> version0.6.0/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.amb -> version0.6.0/genome.fa.amb │   │   │   ├── genome.fa.ann -> version0.6.0/genome.fa.ann │   │   │   ├── genome.fa.bwt -> version0.6.0/genome.fa.bwt │   │   │   ├── genome.fa.fai │   │   │   ├── genome.fa.pac -> version0.6.0/genome.fa.pac │   │   │   ├── genome.fa.sa -> version0.6.0/genome.fa.sa │   │   │   ├── version0.5.x │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   │   ├── genome.fa.rbwt │   │   │   │   ├── genome.fa.rpac │   │   │   │   ├── genome.fa.rsa │   │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   │   ├── version0.6.0 │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   │   └── version0.7.9a │   │   │   ├── genome.fa -> ../../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.fasta │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   ├── genome.fa.dict -> ../../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.dict │   │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.fasta.fai │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   ├── genome.fa.sa │   │   │   ├── run_bwaindex.log │   │   │   └── run_bwaindex.sh │   │   ├── IlluminaNovoIndex │   │   │   ├── genome.dict -> /group/referenceFiles/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.dict │   │   │   ├── genome.fa -> /group/referenceFiles/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.fai -> /group/referenceFiles/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   │   ├── genome.nix │   │   │   └── version3.02.05 │   │   │   ├── genome.fa -> ../../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.fasta │   │   │   ├── genome.fa.dict -> ../../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.dict │   │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../../hg19.GATKbundle.2.8/hg19/ucsc.hg19.fasta.fai │   │   │   ├── genome.nix │   │   │   ├── run_novoindex.log │   │   │   ├── run_novoindex.sh │   │   │   ├── run_novoindex.sh.e316507 │   │   │   └── run_novoindex.sh.o316507 │   │   ├── IlluminaSOAP2Index │   │   │   ├── genome.fa -> /group/referenceFiles/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.index.amb │   │   │   ├── genome.fa.index.ann │   │   │   ├── genome.fa.index.bwt │   │   │   ├── genome.fa.index.fmv │   │   │   ├── genome.fa.index.lkt │   │   │   ├── genome.fa.index.pac │   │   │   ├── genome.fa.index.rev.bwt │   │   │   ├── genome.fa.index.rev.fmv │   │   │   ├── genome.fa.index.rev.lkt │   │   │   ├── genome.fa.index.rev.pac │   │   │   └── job.sh │   │   ├── Mappability │   │   │   ├── 1.txt │   │   │   ├── hg19-blacklist-README.pdf │   │   │   ├── README │   │   │   ├── run_convertBWtoWIG.01-25-2015_19:28:04.log │   │   │   ├── run_convertBWtoWIG.sh │   │   │   ├── run_convertBWtoWIG.sh.o802126 │   │   │   ├── tmp │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign100mer.bed │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign100mer.bedGraph │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign100mer.bigWig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign100mer.wig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign100mer.wig.wig.bed │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign24mer.bedGraph │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign24mer.bigWig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign24mer.wig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign36mer.bedGraph │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign36mer.bigWig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign36mer.wig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign40mer.bedGraph │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign40mer.bigWig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign40mer.wig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign50mer.bedGraph │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign50mer.bigWig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign50mer.wig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign75mer.bedGraph │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign75mer.bigWig │   │   │   ├── wgEncodeCrgMapabilityAlign75mer.wig │   │   │   ├── wgEncodeDacMapabilityConsensusExcludable.bed │   │   │   ├── wgEncodeDukeMapabilityRegionsExcludable.bed │   │   │   ├── wgEncodeDukeMapabilityUniqueness20bp.bigWig │   │   │   ├── wgEncodeDukeMapabilityUniqueness20bp.bigWig.bedGraph │   │   │   ├── wgEncodeDukeMapabilityUniqueness20bp.wig │   │   │   └── wgEncodeDukeMapabilityUniqueness35bp.bigWig │   │   ├── SOLiDBfastIndex │   │   │   ├── genome.dict -> ../WholeGenomeFasta/genome.dict │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.cs.10.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.1.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.2.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.3.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.4.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.5.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.6.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.7.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.8.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.9.1.bif │   │   │   ├── genome.fa.cs.brg │   │   │   ├── genome.fa.fai -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   │   ├── genome.fa.nt.brg │   │   │   ├── mask.25bp.txt │   │   │   ├── mask.50bp.txt │   │   │   ├── run_buildIndex_hg19_07-20-2012_17:31:47.bfast.log │   │   │   ├── run_buildIndex_hg19_07-30-2012_14:56:00.bfast.log │   │   │   └── run_buildIndex_hg19_07-30-2012_14:59:14.bfast.log │   │   ├── SOLiDBowtieIndex │   │   │   ├── genome_c.1.ebwt │   │   │   ├── genome_c.2.ebwt │   │   │   ├── genome_c.3.ebwt │   │   │   ├── genome_c.4.ebwt │   │   │   ├── genome_c.dict -> ../WholeGenomeFasta/genome.dict │   │   │   ├── genome_c.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome_c.fa.fai -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   │   ├── genome_c.rev.1.ebwt │   │   │   ├── genome_c.rev.2.ebwt │   │   │   └── run_buildIndex_hg19_07-20-2012_17:31:48.bowtie.log │   │   ├── SOLiDBWAIndex │   │   │   ├── hg19.fa.amb │   │   │   ├── hg19.fa.ann │   │   │   ├── hg19.fa.bwt │   │   │   ├── hg19.fa.nt.amb │   │   │   ├── hg19.fa.nt.ann │   │   │   ├── hg19.fa.nt.pac │   │   │   ├── hg19.fa.pac │   │   │   ├── hg19.fa.rbwt │   │   │   ├── hg19.fa.rpac │   │   │   ├── hg19.fa.rsa │   │   │   └── hg19.fa.sa │   │   ├── SOLiDNovoIndex │   │   │   ├── genome.dict -> /group/referenceFiles/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.dict │   │   │   ├── genome.fa -> /group/referenceFiles/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.fa.fai -> /group/referenceFiles/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   │   ├── genome.ncx │   │   │   └── run_buildIndex.novo.sh │   │   ├── Squashed-Homo_sapiens-UCSC-hg19 │   │   │   ├── chr10.fa -> ../Chromosomes/chr10.fa │   │   │   ├── chr10.fa.2bpb │   │   │   ├── chr10.fa.vld │   │   │   ├── chr11.fa -> ../Chromosomes/chr11.fa │   │   │   ├── chr11.fa.2bpb │   │   │   ├── chr11.fa.vld │   │   │   ├── chr12.fa -> ../Chromosomes/chr12.fa │   │   │   ├── chr12.fa.2bpb │   │   │   ├── chr12.fa.vld │   │   │   ├── chr13.fa -> ../Chromosomes/chr13.fa │   │   │   ├── chr13.fa.2bpb │   │   │   ├── chr13.fa.vld │   │   │   ├── chr14.fa -> ../Chromosomes/chr14.fa │   │   │   ├── chr14.fa.2bpb │   │   │   ├── chr14.fa.vld │   │   │   ├── chr15.fa -> ../Chromosomes/chr15.fa │   │   │   ├── chr15.fa.2bpb │   │   │   ├── chr15.fa.vld │   │   │   ├── chr16.fa -> ../Chromosomes/chr16.fa │   │   │   ├── chr16.fa.2bpb │   │   │   ├── chr16.fa.vld │   │   │   ├── chr17.fa -> ../Chromosomes/chr17.fa │   │   │   ├── chr17.fa.2bpb │   │   │   ├── chr17.fa.vld │   │   │   ├── chr18.fa -> ../Chromosomes/chr18.fa │   │   │   ├── chr18.fa.2bpb │   │   │   ├── chr18.fa.vld │   │   │   ├── chr19.fa -> ../Chromosomes/chr19.fa │   │   │   ├── chr19.fa.2bpb │   │   │   ├── chr19.fa.vld │   │   │   ├── chr1.fa -> ../Chromosomes/chr1.fa │   │   │   ├── chr1.fa.2bpb │   │   │   ├── chr1.fa.vld │   │   │   ├── chr20.fa -> ../Chromosomes/chr20.fa │   │   │   ├── chr20.fa.2bpb │   │   │   ├── chr20.fa.vld │   │   │   ├── chr21.fa -> ../Chromosomes/chr21.fa │   │   │   ├── chr21.fa.2bpb │   │   │   ├── chr21.fa.vld │   │   │   ├── chr22.fa -> ../Chromosomes/chr22.fa │   │   │   ├── chr22.fa.2bpb │   │   │   ├── chr22.fa.vld │   │   │   ├── chr2.fa -> ../Chromosomes/chr2.fa │   │   │   ├── chr2.fa.2bpb │   │   │   ├── chr2.fa.vld │   │   │   ├── chr3.fa -> ../Chromosomes/chr3.fa │   │   │   ├── chr3.fa.2bpb │   │   │   ├── chr3.fa.vld │   │   │   ├── chr4.fa -> ../Chromosomes/chr4.fa │   │   │   ├── chr4.fa.2bpb │   │   │   ├── chr4.fa.vld │   │   │   ├── chr5.fa -> ../Chromosomes/chr5.fa │   │   │   ├── chr5.fa.2bpb │   │   │   ├── chr5.fa.vld │   │   │   ├── chr6.fa -> ../Chromosomes/chr6.fa │   │   │   ├── chr6.fa.2bpb │   │   │   ├── chr6.fa.vld │   │   │   ├── chr7.fa -> ../Chromosomes/chr7.fa │   │   │   ├── chr7.fa.2bpb │   │   │   ├── chr7.fa.vld │   │   │   ├── chr8.fa -> ../Chromosomes/chr8.fa │   │   │   ├── chr8.fa.2bpb │   │   │   ├── chr8.fa.vld │   │   │   ├── chr9.fa -> ../Chromosomes/chr9.fa │   │   │   ├── chr9.fa.2bpb │   │   │   ├── chr9.fa.vld │   │   │   ├── chrM.fa -> ../Chromosomes/chrM.fa │   │   │   ├── chrM.fa.2bpb │   │   │   ├── chrM.fa.vld │   │   │   ├── chrX.fa -> ../Chromosomes/chrX.fa │   │   │   ├── chrX.fa.2bpb │   │   │   ├── chrX.fa.vld │   │   │   ├── chrY.fa -> ../Chromosomes/chrY.fa │   │   │   ├── chrY.fa.2bpb │   │   │   └── chrY.fa.vld │   │   ├── STARIndex │   │   │   ├── annot │   │   │   ├── noAnnot │   │   │   │   └── Annot │   │   │   ├── withAnnot [error opening dir] │   │   │   └── withoutAnnot [error opening dir] │   │   └── WholeGenomeFasta │   │   ├── genome.dict │   │   ├── genome.fa │   │   ├── genome.fa.amb │   │   ├── genome.fa.ann │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   ├── genome.fa.fai │   │   ├── genome.fa.pac │   │   └── genome.fa.sa │   └── hg38 │   ├── Annotation │   │   └── knownGene_hg38 │   ├── hg38.chrom.sizes │   └── Sequence │   ├── IlluminaBowtie2Index │   │   └── v2.2.5 │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   ├── IlluminaBowtieIndex │   │   └── v1.1 │   │   ├── genome.1.ebwt │   │   ├── genome.2.ebwt │   │   ├── genome.3.ebwt │   │   ├── genome.4.ebwt │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   ├── genome.rev.1.ebwt │   │   └── genome.rev.2.ebwt │   ├── IlluminaBWAIndex │   │   └── v0.7.9a │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   ├── genome.fa.amb │   │   ├── genome.fa.ann │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   ├── genome.fa.pac │   │   └── genome.fa.sa │   ├── IlluminaNovoIndex │   │   └── v3.02.08 │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   ├── genome.fa.fai -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   ├── genome.fa.nix -> genome.nix │   │   └── genome.nix │   ├── README │   └── WholeGenomeFasta │   ├── genome.dict │   ├── genome.fa -> hg38.fa │   ├── genome.fa.dict -> genome.dict │   ├── genome.fa.fai │   └── hg38.fa ├── Methanothermobacter_marburgensis │   └── NCBI │   ├── Annotation │   │   └── Genes │   └── Sequence │   ├── chrom.sizes │   ├── IlluminaBowtie2Index │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   ├── IlluminaBWAIndex │   │   ├── genome.fa.amb │   │   ├── genome.fa.ann │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   ├── genome.fa.pac │   │   └── genome.fa.sa │   ├── IlluminaNovoIndex │   └── WholeGenomeFasta │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.amb -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.amb │   ├── genome.fa.ann -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.ann │   ├── genome.fa.bwt -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.bwt │   ├── genome.fa.dict │   ├── genome.fa.fai │   ├── genome.fa.pac -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.pac │   └── genome.fa.sa -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.sa ├── Methanothermobacter_thermautotrophicus │   └── NCBI │   ├── Annotation │   │   └── Genes │   └── Sequence │   ├── chrom.sizes │   ├── IlluminaBowtie2Index │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   ├── IlluminaBWAIndex │   │   ├── genome.fa.amb │   │   ├── genome.fa.ann │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   ├── genome.fa.pac │   │   └── genome.fa.sa │   ├── IlluminaNovoIndex │   │   └── genome.nix │   └── WholeGenomeFasta │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.amb -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.amb │   ├── genome.fa.ann -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.ann │   ├── genome.fa.bwt -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.bwt │   ├── genome.fa.dict │   ├── genome.fa.pac -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.pac │   └── genome.fa.sa -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.sa ├── Methanothermobacter_thermoautotrophicus_CRI │   └── NCBI │   ├── Annotation │   │   └── Genes │   └── Sequence │   ├── chrom.sizes │   ├── IlluminaBowtie2Index │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   ├── IlluminaBWAIndex │   │   ├── genome.fa.amb │   │   ├── genome.fa.ann │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   ├── genome.fa.pac │   │   └── genome.fa.sa │   ├── IlluminaNovoIndex │   │   └── genome.nix │   └── WholeGenomeFasta │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.amb -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.amb │   ├── genome.fa.ann -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.ann │   ├── genome.fa.bwt -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.bwt │   ├── genome.fa.dict │   ├── genome.fa.pac -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.pac │   └── genome.fa.sa -> ../IlluminaBWAIndex/genome.fa.sa ├── Mus_musculus │   ├── ensembl │   ├── NCBI │   │   ├── chr_name │   │   ├── selectSeqs.pl │   │   ├── snp137.vcf │   │   ├── snp137.vcf.idx │   │   ├── tmp │   │   │   ├── header.txt │   │   │   ├── vcf_chr_10.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_11.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_12.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_13.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_14.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_15.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_16.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_17.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_18.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_19.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_1.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_2.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_3.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_4.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_5.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_6.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_7.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_8.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_9.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_MT.skip.vcf │   │   │   ├── vcf_chr_X.skip.vcf │   │   │   └── vcf_chr_Y.skip.vcf │   │   ├── vcf_chr_10.vcf │   │   ├── vcf_chr_11.vcf │   │   ├── vcf_chr_12.vcf │   │   ├── vcf_chr_13.vcf │   │   ├── vcf_chr_14.vcf │   │   ├── vcf_chr_15.vcf │   │   ├── vcf_chr_16.vcf │   │   ├── vcf_chr_17.vcf │   │   ├── vcf_chr_18.vcf │   │   ├── vcf_chr_19.vcf │   │   ├── vcf_chr_1.vcf │   │   ├── vcf_chr_2.vcf │   │   ├── 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│   │   │   │   └── run_bedtools_getFasta.sh │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   ├── 1.vcf │   │   │   │   │   ├── 2.vcf │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.indels.dbSNP.ucsc.vcf │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.indels.dbSNP.vcf.gz.md5 │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.indels.dbSNP.vcf.gz.tbi │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.indels.dbSNP.vcf.gz.tbi.md5 │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.indels.snps.dbSNP.ucsc.gatk.129S1_SvImJ.C57BL_6NJ.vcf │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.indels.snps.dbSNP.ucsc.gatk.129S1_SvImJ.C57BL_6NJ.vcf.idx │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.indels.snps.dbSNP.ucsc.gatk.vcf │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.indels.snps.dbSNP.ucsc.gatk.vcf.idx │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.indels.snps.dbSNP.ucsc.vcf │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.snps.dbSNP.ucsc.vcf │   │   │   │   │   ├── mgp.v4.snps.dbSNP.vcf │   │   │   │   │   ├── 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Archives/archive-2012-05-23-16-47-35/Variation │   │   ├── GenomeStudio │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   ├── archive-2012-05-23-16-47-35 │   │   │   │   │   └── Mus_musculus │   │   │   │   │   └── UCSC-mm10 │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2012-05-23-16-47-35/Genes/ChromInfo.txt │   │   │   │   │   ├── refGene.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2012-05-23-16-47-35/Genes/refGene.txt │   │   │   │   │   ├── refSeqSummary.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2012-05-23-16-47-35/Genes/refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   └── Sequence │   │   │   │   │   ├── chr10.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr10.fa │   │   │   │   │   ├── chr11.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr11.fa │   │   │   │   │   ├── chr12.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr12.fa │   │   │   │   │   ├── chr13.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr13.fa │   │   │   │   │   ├── chr14.fa -> 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│   │   ├── chr8.fa │   │   │   ├── chr9.fa │   │   │   ├── chrM.fa │   │   │   ├── chrX.fa │   │   │   ├── chrY.fa │   │   │   └── mouse_chrList.txt │   │   ├── IlluminaBowtie2Index │   │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.numSort.1.bt2 │   │   │   ├── genome.numSort.2.bt2 │   │   │   ├── genome.numSort.3.bt2 │   │   │   ├── genome.numSort.4.bt2 │   │   │   ├── genome.numSort.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.numSort.fa │   │   │   ├── genome.numSort.rev.1.bt2 │   │   │   ├── genome.numSort.rev.2.bt2 │   │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   │   ├── IlluminaBowtieIndex │   │   │   ├── genome.1.ebwt │   │   │   ├── genome.2.ebwt │   │   │   ├── genome.3.ebwt │   │   │   ├── genome.4.ebwt │   │   │   ├── genome.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome.rev.1.ebwt │   │   │   └── 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│   │   │   ├── genome_c.3.ebwt │   │   │   ├── genome_c.4.ebwt │   │   │   ├── genome_c.fa -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   ├── genome_c.fa.fai -> ../WholeGenomeFasta/genome.fa.fai │   │   │   ├── genome_c.rev.1.ebwt │   │   │   ├── genome_c.rev.2.ebwt │   │   │   └── run_buildIndex_mm10_07-20-2012_17:31:48.bowtie.log │   │   ├── Squashed-Mus_musculus-UCSC-mm10 │   │   │   ├── chr10.fa -> ../Chromosomes/chr10.fa │   │   │   ├── chr10.fa.2bpb │   │   │   ├── chr10.fa.vld │   │   │   ├── chr11.fa -> ../Chromosomes/chr11.fa │   │   │   ├── chr11.fa.2bpb │   │   │   ├── chr11.fa.vld │   │   │   ├── chr12.fa -> ../Chromosomes/chr12.fa │   │   │   ├── chr12.fa.2bpb │   │   │   ├── chr12.fa.vld │   │   │   ├── chr13.fa -> ../Chromosomes/chr13.fa │   │   │   ├── chr13.fa.2bpb │   │   │   ├── chr13.fa.vld │   │   │   ├── chr14.fa -> ../Chromosomes/chr14.fa │   │   │   ├── chr14.fa.2bpb │   │   │   ├── chr14.fa.vld │   │   │   ├── chr15.fa -> ../Chromosomes/chr15.fa │   │   │   ├── 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└── 2015 │   │   ├── Rattus_norvegicus [error opening dir] │   │   ├── Rattus_norvegicus_Ensembl_Rnor_5.0.tar.gz │   │   └── README.txt │   ├── miRBase [error opening dir] │   ├── STARgenome │   │   ├── makeGenome.sh │   │   └── rn5_UCSC_50bp │   │   ├── chrLength.txt │   │   ├── chrNameLength.txt │   │   ├── chrName.txt │   │   ├── chrStart.txt │   │   ├── Genome │   │   ├── genomeParameters.txt │   │   ├── rn5-star-ref.o453820 │   │   ├── rn5-star-ref.o454152 │   │   ├── run_genome_generate.logs │   │   ├── run_genome_generate.logs.bak │   │   ├── SA │   │   ├── SAindex │   │   ├── sjdbInfo.txt │   │   └── sjdbList.out.tab │   └── UCSC │   ├── FinalReport_450K_annot.annotation.txt │   ├── hg18_refseq_14_10_17_v2.pannot │   ├── hg18-RefSeq Transcripts - 2014-10-17.txt │   ├── HumanMethylation450_15017482_v.1.2.csv │   ├── libIndex.txt │   └── rn5 │   ├── Annotation │   │   ├── Archives │   │   │   ├── archive-2013-03-06-19-22-38 │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   ├── ChromSize.txt │   │   │   │   │   ├── download.log │   │   │   │   │   ├── genes.bed │   │   │   │   │   ├── genes.bed.ucsc.png │   │   │   │   │   ├── genes.gtf │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt │   │   │   │   │   ├── refFlat.txt.gz │   │   │   │   │   ├── refGene.txt │   │   │   │   │   ├── refSeqSummary.txt │   │   │   │   │   ├── rRNA.bed │   │   │   │   │   ├── rRNA.bed.locations.txt │   │   │   │   │   ├── rRNA.fa │   │   │   │   │   ├── rRNA.gtf │   │   │   │   │   ├── rRNA.ucsc.png │   │   │   │   │   └── run_bedtools_getFasta.sh │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   ├── mature.fa │   │   │   │   │   └── precursor.fa │   │   │   │   └── Variation │   │   │   └── archive-current -> archive-2013-03-06-19-22-38 │   │   ├── Genes -> Archives/archive-current/Genes │   │   ├── README.txt -> Archives/archive-current/README.txt │   │   ├── SmallRNA -> Archives/archive-current/SmallRNA │   │   └── Variation -> Archives/archive-current/Variation │   ├── GenomeStudio │   │   ├── Archives │   │   │   ├── archive-2013-03-06-19-22-38 │   │   │   │   └── Rattus_norvegicus │   │   │   │   └── UCSC-rn5 │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2013-03-06-19-22-38/Genes/ChromInfo.txt │   │   │   │   ├── refGene.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2013-03-06-19-22-38/Genes/refGene.txt │   │   │   │   ├── refSeqSummary.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2013-03-06-19-22-38/Genes/refSeqSummary.txt │   │   │   │   └── Sequence │   │   │   │   ├── chr10.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr10.fa │   │   │   │   ├── chr11.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr11.fa │   │   │   │   ├── chr12.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr12.fa │   │   │   │   ├── chr13.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr13.fa │   │   │   │   ├── chr14.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chr14.fa │   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│   │   │   ├── est.fa.rev.1.bt2 │   │   │   ├── est.fa.rev.2.bt2 │   │   │   ├── sacCer3.1.bt2 │   │   │   ├── sacCer3.2.bt2 │   │   │   ├── sacCer3.3.bt2 │   │   │   ├── sacCer3.4.bt2 │   │   │   ├── sacCer3.rev.1.bt2 │   │   │   ├── sacCer3.rev.2.bt2 │   │   │   └── tmp │   │   │   ├── README.txt │   │   │   ├── Saccharomyces_cerevisiae │   │   │   │   └── UCSC │   │   │   │   └── sacCer3 │   │   │   │   ├── Annotation │   │   │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   │   │   ├── archive-2012-03-09-08-20-35 │   │   │   │   │   │   │   ├── Genes │   │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   │   └── refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── SmallRNA │   │   │   │   │   │   │   └── Variation │   │   │   │   │   │   └── archive-current -> archive-2012-03-09-08-20-35 │   │   │   │   │   ├── Genes -> Archives/archive-2012-03-09-08-20-35/Genes │   │   │   │   │   ├── README.txt -> Archives/archive-2012-03-09-08-20-35/README.txt │   │   │   │   │   ├── SmallRNA -> Archives/archive-2012-03-09-08-20-35/SmallRNA │   │   │   │   │   └── Variation -> Archives/archive-2012-03-09-08-20-35/Variation │   │   │   │   ├── GenomeStudio │   │   │   │   │   ├── Archives │   │   │   │   │   │   ├── archive-2012-03-09-08-20-35 │   │   │   │   │   │   │   └── Saccharomyces_cerevisiae │   │   │   │   │   │   │   └── UCSC-sacCer3 │   │   │   │   │   │   │   ├── ChromInfo.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2012-03-09-08-20-35/Genes/ChromInfo.txt │   │   │   │   │   │   │   ├── refGene.txt -> ../../../../../Annotation/Archives/archive-2012-03-09-08-20-35/Genes/refGene.txt │   │   │   │   │   │   │   └── Sequence │   │   │   │   │   │   │   ├── chrI.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrI.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrII.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrII.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrIII.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrIII.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrIV.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrIV.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrIX.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrIX.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrM.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrM.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrV.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrV.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrVI.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrVI.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrVII.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrVII.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrVIII.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrVIII.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrX.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrX.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrXI.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrXI.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrXII.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrXII.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrXIII.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrXIII.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrXIV.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrXIV.fa │   │   │   │   │   │   │   ├── chrXV.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrXV.fa │   │   │   │   │   │   │   └── chrXVI.fa -> ../../../../../../Sequence/Chromosomes/chrXVI.fa │   │   │   │   │   │   └── archive-current -> archive-2012-03-09-08-20-35 │   │   │   │   │   ├── README.txt │   │   │   │   │   └── Saccharomyces_cerevisiae -> Archives/archive-2012-03-09-08-20-35/Saccharomyces_cerevisiae │   │   │   │   └── Sequence │   │   │   │   ├── AbundantSequences │   │   │   │   │   ├── adapter_contam1.fa │   │   │   │   │   ├── adapter_contam1.fa.2bpb │   │   │   │   │   ├── adapter_contam1.fa.vld │   │   │   │   │   ├── chrM.fa -> ../Squashed-Saccharomyces_cerevisiae-UCSC-sacCer3/chrM.fa │   │   │   │   │   ├── chrM.fa.2bpb -> ../Squashed-Saccharomyces_cerevisiae-UCSC-sacCer3/chrM.fa.2bpb │   │   │   │   │   ├── 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├── genome.rev.1.ebwt │   │   │   │   │   └── genome.rev.2.ebwt │   │   │   │   ├── BWAIndex │   │   │   │   │   ├── genome.fa -> version0.6.0/genome.fa │   │   │   │   │   ├── genome.fa.amb -> version0.6.0/genome.fa.amb │   │   │   │   │   ├── genome.fa.ann -> version0.6.0/genome.fa.ann │   │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt -> version0.6.0/genome.fa.bwt │   │   │   │   │   ├── genome.fa.pac -> version0.6.0/genome.fa.pac │   │   │   │   │   ├── genome.fa.sa -> version0.6.0/genome.fa.sa │   │   │   │   │   ├── version0.5.x │   │   │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   │   │   │   ├── genome.fa.rbwt │   │   │   │   │   │   ├── genome.fa.rpac │   │   │   │   │   │   ├── genome.fa.rsa │   │   │   │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   │   │   │   └── version0.6.0 │   │   │   │   │   ├── genome.fa -> ../../WholeGenomeFasta/genome.fa │   │   │   │   │   ├── genome.fa.amb │   │   │   │   │   ├── genome.fa.ann │   │   │   │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   │   │   │   ├── genome.fa.pac │   │   │   │   │   └── genome.fa.sa │   │   │   │   ├── Chromosomes │   │   │   │   │   ├── chrI.fa │   │   │   │   │   ├── chrII.fa │   │   │   │   │   ├── chrIII.fa │   │   │   │   │   ├── chrIV.fa │   │   │   │   │   ├── chrIX.fa │   │   │   │   │   ├── chrM.fa │   │   │   │   │   ├── chrV.fa │   │   │   │   │   ├── chrVI.fa │   │   │   │   │   ├── chrVII.fa │   │   │   │   │   ├── chrVIII.fa │   │   │   │   │   ├── chrX.fa │   │   │   │   │   ├── chrXI.fa │   │   │   │   │   ├── chrXII.fa │   │   │   │   │   ├── chrXIII.fa │   │   │   │   │   ├── chrXIV.fa │   │   │   │   │   ├── chrXV.fa │   │   │   │   │   └── chrXVI.fa │   │   │   │   ├── Squashed-Saccharomyces_cerevisiae-UCSC-sacCer3 │   │   │   │   │   ├── chrI.fa -> ../Chromosomes/chrI.fa │   │   │   │   │   ├── chrI.fa.2bpb │   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│   │   │   ├── est.fa.sa │   │   │   ├── sacCer3.fa.amb │   │   │   ├── sacCer3.fa.ann │   │   │   ├── sacCer3.fa.bwt │   │   │   ├── sacCer3.fa.pac │   │   │   └── sacCer3.fa.sa │   │   ├── IlluminaNovoIndex │   │   │   └── sacCer3.nix │   │   ├── sacCer3.2bit │   │   ├── sacCer3.fa │   │   └── WholeGenomeFasta │   │   ├── est.fa.fai │   │   └── sacCer3.fa.fai │   └── STARgenome │   ├── makeGenome.sh │   └── sc3_Ensembl_100bp │   ├── chrLength.txt │   ├── chrNameLength.txt │   ├── chrName.txt │   ├── chrStart.txt │   ├── Genome │   ├── genomeParameters.txt │   ├── run_genome_generate.logs │   ├── SA │   ├── SAindex │   ├── sjdbInfo.txt │   └── sjdbList.out.tab ├── Sus_scrofa │   ├── NCBI │   │   └── blastdb │   │   └── sus_scrofa.genomic_02_Nov_2011 │   └── run_wget.log ├── tmp │   ├── bios-referenceFiles.list.txt │   ├── chicken_chrList.txt │   ├── human_chrList.txt │   ├── mouse_chrList_1.txt │   ├── mouse_chrList.txt │   ├── nr.nhr │   ├── nr.nin │   ├── nr.nsq │   ├── test.fa │   └── wget-log └── Virus └── NCBI └── blastdb ├── viral.genomic_07_Mar_2012 │   ├── formatdb.log │   ├── viral.1.1.genomic.fna │   ├── viral.genomic_formatted_title.faa │   ├── viral.genomic.nhr │   ├── viral.genomic.nin │   └── viral.genomic.nsq ├── viral.genomic_23_Mar_2011 │   ├── formatdb.log │   ├── viral.genomic.nhr │   ├── viral.genomic.nin │   ├── viral.genomic.nnd │   ├── viral.genomic.nni │   ├── viral.genomic.nsd │   ├── viral.genomic.nsi │   └── viral.genomic.nsq ├── viral.protein_07_Mar_2012 │   ├── formatdb.log │   ├── viral.1.protein.faa │   ├── viral_protein_201203.phr │   ├── viral_protein_201203.pin │   ├── viral_protein_201203.psq │   ├── viral.protein.formatted_title.faa │   ├── viral.protein.phr │   ├── viral.protein.pin │   └── viral.protein.psq └── viral.protein_23_Mar_2011 ├── formatdb.log ├── viral.protein.phr ├── viral.protein.pin ├── viral.protein.pnd ├── viral.protein.pni ├── viral.protein.psd ├── viral.protein.psi └── viral.protein.psq 868 directories, 7780 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